L'edificio che ospita il Conservatorio di Musica di Mantova era anticamente un monastero di clausura femminile appartenente all'Ordine dei Servi di Maria. Fu fondato nel 1497 e fu dedicato a Santa Maria della Misericordia. La costruzione risale ai primi decenni del '500 e mantenne la funzione di Convento sino al 1797 quando fu trasformato in caserma militare da parte dei Francesi. L'uso militare dell'edificio si protrasse sino alla fine degli anni '50 del 1900. Successivamente fu adibito a istituto scolastico ed ospitò, per qualche decennio, alcune scuole medie e superiori della città. Negli anni '90 fu praticamente abbandonato e conobbe un grave degrado.
All'inizio degli anni 2000, su sollecitazione dell'Istituto Musicale che si trovava in grandi difficoltà per carenza di spazi, la Provincia di Mantova avviò un imponente progetto di riqualificazione dell'edificio, destinandolo a nuova sede del Conservatorio, impegando risorse ed avvalendosi di cospicui finanziamenti del Ministero dell'Università nonché della Regione Lombardia e di importanti Fondazioni bancarie. L'edificio è articolato in diverse strutture che ruotano attorno al bellissimo Chiostro maggiore. L'attività didattica si svolge in 29 aule, 26 delle quali (quelle del I e II piano più le due aule d'organo a piano terra) ottimamente insonorizzate e dotate di raffrescamento e riscaldamento generato da impianti che sfruttano la geotermia. Gli uffici amministrativi e l'archivio sono disposti in cinque ambienti affacciati sul Chiostro minore. La struttura è dotata di ascensore per il superamento delle barriere architettoniche.
Fra gli spazi dedicati all'attività didattica si segnala la disponibilità di due aule d'organo (dedicate l'una a Girolamo Cavazzoni e l'altra a Cesare Rossi, illustri musicisti che hanno operato nella città di Mantova), che vengono utilizzate anche come piccolo auditorium. Da segnalare l'organo grande costruito nel 2011 (vedi la brochure illustrativa con la disposizione fonica dello strumento). Al secondo piano, l'aula più grande ospita anche le prove dell'orchestra del Conservatorio. Per l'anno accademico 2013/14 è prevista la costruzione di un'aula per Esercitazioni corali, ottenuta grazie alla ristrutturazione di un locale sito nel Chiostro minore. L'edificio è dotato di un auditorium, intitolato a Claudio Monteverdi, che contiene oltre 180 posti a sedere e nel quale si svolgono attività concertistiche, conferenze e riunioni. La struttura viene utilizzata a questo scopo anche da Associazioni culturali ed Enti della città. L'auditorium è preceduto da un ampio e prestigioso foyer, nel quale sono disposte le teche che conservano strumenti musicali d'epoca di proprietà del Conservatorio.
La biblioteca "Luigi Gatti" è descritta in specifica pagina.
Domenica 11 giugno 2017 è stato inaugurato "Il Giardino di Sergio Cordibella", cioè il Chiostro minore, e un nuovo locale destinato a punto di ristoro e di ritrovo per studenti, docenti ed ospiti esterni
